Workflows

Molecular Interactions from IntAct PSICQUI... (2)

• Download

Get molecular interaction data in psi-mitab25 from IntAct through its REST PSICQUIC service. As input you can use an Uniprot Acc like "P99999" or a MIQL query like "alias:KHDRBS1".

Created: 2011-05-29 | Last updated: 2011-10-05

Credits: Rafael C. Jimenez

Pathways and Gene annotations for QTL region (1)

• Download

This workflow searches for genes which reside in a QTL (Quantitative Trait Loci) region in rice, Oryza sativa. The workflow requires an input of: a chromosome name or number; a QTL start base pair position; QTL end base pair position. Data is then extracted from BioMart to annotate each of the genes found in this region. The Entrez and UniGene identifiers are then sent to KEGG to obtain KEGG gene identifiers. The KEGG gene identifiers are then used to searcg for pathways in the KEGG pathway d...

Created: 2011-05-27 | Last updated: 2011-05-27

Credits: Paul Fisher

Feature selection with background knowledge (1)

• Download

Sample workflow that exploits background knowledge in the form of links connecting attributes in the different measurement data. The input data is assumed to be labeled and consists of different interconnected biological levels. Additionally a number of files defining links between attributes in the different measurement data are provided. This data was used in the KUP data mining challenge (http://tunedit.org/challenge/ON). Here we focus on two biological levels: protein data measured by ...

Created: 2011-05-25 | Last updated: 2011-05-25

Authenticate with the OpenTox network (1)

• Download

 Bioclipse script commands log authenticate with the OpenTox network.

Created: 2011-05-25 | Last updated: 2011-05-25

Credits: Egon Willighagen

Create a molecules table from a list of IU... (1)

• Download

 Scripts that uses OPSIN to convert IUPAC names into chemical structures, which are saved as SD file and openend in the Bioclipse molecules table.

Created: 2011-05-25 | Last updated: 2011-05-25

Credits: Egon Willighagen

Wykorzystanie klasyfikatora binarnego do k... (1)

• Download

Wiele klasyfikatorów (np. SVM) pozwala na klasyfikacjÄ™ jedynie w przypadku gdy zmienna celu jest binarna. Poniższy przepÅ‚yw pokazuje, w jaki sposób operator Polynomial By Binomial Classificaiton pozwala agregować odpowiedzi klasyfikatorów binarnych dla przypadków, w których zmienna celu zawiera wiele różnych wartoÅ›ci.

Created: 2011-05-25 | Last updated: 2011-05-25

Prosty przykład metody Voting (1)

• Download

Ten prosty przykład ilustruje wykorzystanie operatora Voting do przeprowadzenia głosowania większościowego. W zagnieżdżonym operatorze umieszczono przykładowe trzy modele bazowe (drzewo decyzyjne, sieć neuronowa, SVN), odpowiedź z operatora Voting to zwykłe głosowanie.

Created: 2011-05-25 | Last updated: 2011-05-25

Przykład metody Stacking (1)

• Download

Poniższy przepÅ‚yw pokazuje wykorzystanie operatora Stacking do tworzenia meta-klasyfikatorów. Operator Stacking pozwala na zagnieżdżenie dowolnej liczby modeli bazowych, które bÄ™dÄ… równolegle uczone na zbiorze uczÄ…cym. Drugim operatorem zagnieżdżonym jest model klasyfikatora, który uczy siÄ™ na odpowiedziach modeli bazowych (czyli buduje model modeli odpowiedzi). W przykÅ‚adzie jako modele bazowe wykorzystano: drzewo decyzyjne, algorytm k-NN, sieć neurono...

Created: 2011-05-25 | Last updated: 2011-05-25

Prosty przykład algorytmu AdaBoost (1)

• Download

Przepływ obrazuje przykład wykorzystania algorytmu AdaBoost. W kolejnych teracjach metoda modyfikuje przykłady ze zbioru uczącego, przypisując większą wagę przykładom błędnie sklasyfikowanym we wcześniejszych iteracjach.

Created: 2011-05-25 | Last updated: 2011-05-25

Przyklad metody Bagging (1)

• Download

Proces pokazuje przykÅ‚ad wykorzystania metody Bagging do tworzenia zlożonych klasyfikatorów. Metoda generuje 10 niezależnych modeli drzewa decyzyjnego (każdy na podstawie 90% próbki zbioru uczÄ…cego). Ostateczna odpowiedź jest wynikiem gÅ‚osowania.

Created: 2011-05-25 | Last updated: 2011-05-25