GetWikiPWByENSens_id00 ENSEMBL identifer 2015-08-31 07:53:53.752 UTC ENSG00000124275 2015-08-31 07:54:51.64 UTC pathway_URI_list Pathway unique resource identifer, usually a resovable link. 2015-08-31 07:56:32.950 UTC http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP2002 2015-08-31 07:58:04.751 UTC ens_id ENSG00000124275 2015-08-31 07:57:14.785 UTC ENSEMBL identifer 2015-08-31 07:57:08.878 UTC species_list The species for which the pathway is annotated. 2015-08-31 07:56:49.214 UTC Homo sapiens 2015-08-31 07:58:20.135 UTC findPathwaysByENSXref0responseBody00 The WikiPathways Webservice/API is queried for pathways with a specific ENSEMBL identifier. 2015-08-31 07:55:43.183 UTC net.sf.taverna.t2.activitiesrest-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.rest.RESTActivity GET http://webservice.wikipathways.org/findPathwaysByXref?ids={}&codes=En application/xml application/xml String false false false false true java.lang.String net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeParse_pathway_URIsxml_text0nodelist11 The unique resource identifiers are parsed from the WikiPathways XML file output. 2015-08-31 07:55:58.375 UTC net.sf.taverna.t2.activitiesxpath-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.xpath.XPathActivity <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <ns1:findPathwaysByXrefResponse xmlns:ns1="http://www.wso2.org/php/xsd" xmlns:ns2="http://www.wikipathways.org/webservice"> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>fcc5d</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP176</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79883</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f97c7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP176</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79883</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb970</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP15</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79870</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f5683</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP15</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79870</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb19e</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3193</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80778</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>a2cc7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3193</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80778</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>fcc5d</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1075</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80891</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f97c7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1075</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80891</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb970</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3257</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80897</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f5683</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3257</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80897</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb19e</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1533</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>80971</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>a2cc7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1533</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>80971</ns2:revision> </ns1:result> </ns1:findPathwaysByXrefResponse> /ns1:findPathwaysByXrefResponse/ns1:result/ns2:url ns2 http://www.wikipathways.org/webservice ns1 http://www.wso2.org/php/xsd net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeSplit_string_into_string_list_by_regular_expressionregex0string0split11 If an input file is used, this service will split the file on the newline character, making sure that the file is parsed correctly. 2015-08-31 07:55:20.271 UTC net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity string 0 'text/plain' java.lang.String true regex 0 'text/plain' java.lang.String true split 1 l('text/plain') 1 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.SplitByRegex net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Invokeregex_valuevalue00 The character to split the input string (or text in file) on. Currently newline character (\n). 2015-08-31 07:55:03.351 UTC net.sf.taverna.t2.activitiesstringconstant-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.stringconstant.StringConstantActivity \n net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeParse_speciesxml_text0nodelist11 The species are parsed from the WikiPathways XML file output. 2015-08-31 07:56:14.775 UTC net.sf.taverna.t2.activitiesxpath-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.xpath.XPathActivity <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <ns1:findPathwaysByXrefResponse xmlns:ns1="http://www.wso2.org/php/xsd" xmlns:ns2="http://www.wikipathways.org/webservice"> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>fcc5d</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP176</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79883</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f97c7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP176</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP176</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79883</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb970</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP15</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79870</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f5683</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP15</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP15</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>79870</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb19e</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3193</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80778</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>a2cc7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3193</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3193</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80778</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>fcc5d</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1075</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80891</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f97c7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1075</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1075</ns2:url> <ns2:name>Folate Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80891</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb970</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3257</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80897</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>f5683</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP3257</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP3257</ns2:url> <ns2:name>Selenium Micronutrient Network</ns2:name> <ns2:species>Bos taurus</ns2:species> <ns2:revision>80897</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>cb19e</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1533</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>80971</ns2:revision> </ns1:result> <ns1:result> <ns2:score>5.529775</ns2:score> <ns2:fields> <ns2:name>graphId</ns2:name> <ns2:values>a2cc7</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>indexerId</ns2:name> <ns2:values>org.pathvisio.indexer.DataNodeIndexerhttp://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>source</ns2:name> <ns2:values>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id</ns2:name> <ns2:values>47776</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:fields> <ns2:name>x.id.database</ns2:name> <ns2:values>47776:Ce</ns2:values> </ns2:fields> <ns2:id>WP1533</ns2:id> <ns2:url>http://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP1533</ns2:url> <ns2:name>Vitamin B12 Metabolism</ns2:name> <ns2:species>Homo sapiens</ns2:species> <ns2:revision>80971</ns2:revision> </ns1:result> </ns1:findPathwaysByXrefResponse> /ns1:findPathwaysByXrefResponse/ns1:result/ns2:species ns2 http://www.wikipathways.org/webservice ns1 http://www.wso2.org/php/xsd net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeFlatten_Listinputlist2outputlist11net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity inputlist 2 l(l('')) [B true outputlist 1 l('') 1 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.FlattenList net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeMerge_String_List_to_a_String_2stringlist1concatenated00net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity stringlist 1 l('text/plain') java.lang.String true seperator 0 'text/plain' java.lang.String true concatenated 0 'text/plain' 0 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.StringListMerge net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeFlatten_List_2inputlist2outputlist11net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity inputlist 2 l(l('')) [B true outputlist 1 l('') 1 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.FlattenList net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokeMerge_String_List_to_a_String_2_2stringlist1concatenated00net.sf.taverna.t2.activitieslocalworker-activity1.4net.sf.taverna.t2.activities.localworker.LocalworkerActivity stringlist 1 l('text/plain') java.lang.String true seperator 0 'text/plain' java.lang.String true concatenated 0 'text/plain' 0 workflow org.embl.ebi.escience.scuflworkers.java.StringListMerge net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Parallelize 1 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.ErrorBouncenet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Failovernet.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.Retry 1.0 1000 5000 0 net.sf.taverna.t2.coreworkflowmodel-impl1.4net.sf.taverna.t2.workflowmodel.processor.dispatch.layers.InvokefindPathwaysByENSXrefSplit_string_into_string_list_by_regular_expressionsplitParse_pathway_URIsxml_textfindPathwaysByENSXrefresponseBodySplit_string_into_string_list_by_regular_expressionregexregex_valuevalueSplit_string_into_string_list_by_regular_expressionstringens_idParse_speciesxml_textfindPathwaysByENSXrefresponseBodyFlatten_ListinputlistParse_pathway_URIsnodelistMerge_String_List_to_a_String_2stringlistFlatten_ListoutputlistFlatten_List_2inputlistParse_speciesnodelistMerge_String_List_to_a_String_2_2stringlistFlatten_List_2outputlistpathway_URI_listMerge_String_List_to_a_String_2concatenatedens_idSplit_string_into_string_list_by_regular_expressionsplitspecies_listMerge_String_List_to_a_String_2_2concatenated GetWikiPWByENS 2015-08-25 09:49:08.594 UTC This workflow uses the WikiPathways Webservice/API to query for pathways containing a specific ENSEMBL identifier. The mapping service behind WikiPathways takes care of the identifier mapping, making sure that all relevant results are found even if they were originally reported using a different identifier scheme. 2015-08-31 07:53:24.394 UTC c046bf73-a07d-4531-aacc-194a3c231b47 2015-08-25 09:07:13.639 UTC 61748a2c-a3a4-4744-9756-55da00b40cec 2015-08-25 09:12:27.972 UTC 4bd3f80c-594a-4a70-a0d5-6d194565a202 2015-08-31 12:02:11.131 UTC 83129c48-38ef-4038-a6eb-b8366733fac5 2015-08-31 07:58:22.181 UTC 0e16cf63-d7e8-4213-b7b8-caf42434f5d7 2015-08-25 09:48:49.721 UTC b0ab7f3f-035e-48fc-81c5-a299868b9ba9 2015-10-08 11:14:38.671 UTC Kristina Hettne 2015-08-31 07:53:36.656 UTC 2c765fcf-20d0-4715-8502-11071a6120d7 2015-08-25 09:34:53.85 UTC 6b24757b-c70d-4e28-9b86-14237c2b667b 2015-08-25 09:50:52.917 UTC a3837538-da59-4fcd-974e-8e616556e19d 2015-08-25 09:19:08.133 UTC 6a61443f-c098-47f3-92ed-d538a10ca20d 2015-08-25 09:29:27.152 UTC 45fb391b-b5d0-4874-80cb-5ff6f5eadf88 2015-08-31 07:57:14.858 UTC